Jusqu’en 2006, plusieurs opinions ont été exprimées à propos du statut taxonomique de Homo floresiensis, avant que les paléoanthropologues n’aient directement accès au matériel original de Liang Bua. De nos jours, les points de vue débattus sont davantage fondés sur des études anatomiques quand, par le passé, seules des opinions s’exprimaient sur les travaux des deux équipes ayant eu accès aux fossiles. Il demeure que deux écoles s’affrontent. L’une est partisane de l’existence d’une population d’hommes modernes (Homo sapiens sapiens), dont les particularités ou les pathologies sont liées à un isolement et/ou à une endogamie insulaire ; l’autre école défend l’existence d’une nouvelle espèce, qu’elle soit issue d’un Homo erectus régional ou qu’il s’agisse de l’ultime représentant d’une lignée archaïque du genre Homo, ou même d’un genre différent qui serait proche des Australopithèques. Dans la mesure où aucun reste postcrânien n’est attribuable de manière certaine à Homo erectus et, comme le spécimen-type de cette espèce est une calvaria incomplète, une analyse cladistique a été réalisée à partir des données morphologiques métriques et non métriques de la calvaria de plusieurs spéminens fossiles, dont LB1, pour tester son appartenance à ce taxon. Nos conclusions suggèrent une alternative aux hypothèses précédemment discutées et indiquent que ce spécimen n’est, ni un homme moderne ayant une pathologie, ni une nouvelle espèce, mais est inclus dans le clade Homo erectus.
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