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En este artículo se analiza el sistema científico mexicano consideraron la colaboración y el reconocimiento en la identificación de comunidades científicas institucionales, para lo cual se construyeron redes a nivel de instituciones usando la información sobre producción científica de México indizada en la base de datos Web of Science (WoS) Core Collection de 1981 a 2003. Se usaron tres técnicas para analizar el sistema científico: 1) subredes de máxima colaboración, 2) subredes de máximo reconocimiento, 3) Visualización de semejanzas para determinar la estructura del sistema científico. El análisis se hizo considerando los 22 campos temáticos en conjunto y también en forma individual. Se observó que las universidades e instituciones de educación superior fueron la base de las comunidades científicas en las redes institucionales en cada uno de los 22 campos, destacando el papel central de la UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO (UNAM). En promedio: las comunidades en cada campo estuvieron conformadas por 12 instituciones y en total se identificaron 50 instituciones en el análisis de los 22 campos. En la estructura científica nacional se observa la relevancia del campo en Medicina Clínica, donde la Secretaría de Salud fue la institución con mayor producción.
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