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Cette thèse de doctorat porte sur une étude de la place de la recherche universitaire dans les systèmes (régionaux et nationaux) d'innovation. Ainsi, nous intégrons les études économiques portant d'une part sur l'accroissement des collaborations entre universités et entreprises, et d'autre part sur le rôle de la localisation géographique des activités économiques et sur le fait que les connaissances sont produites dans des systèmes d'innovations localisés. Cela nous permet de déterminer le rôle de la recherche universitaire et des collaborations entre universités et entreprises au sein de ces systèmes régionaux d'innovation. A l'aide de contributions empiriques réalisées dans le cadre du système d'innovation français, mais également dans le cas plus particulier de la région Alsace, nous cherchons à déterminer la dimension d'analyse pertinente (régionale ou nationale) dans laquelle doit être étudiée la place de l'université, ainsi que le rôle de proximité (dans une conception polysémique et pas uniquement géographique) lors des interactions entre universités et entreprises. Le premier chapitre se concentre sur l'analyse d'une des fonctions centrales des universités, à savoir la recherche. Alors que le deuxième chapitre se concentre sur le rôle de la proximité à l'intérieur des systèmes d'innovations. Dans le troisième chapitre nous testons de manière empirique dans le cadre de la France, la pertinence du concept de système régional d'innovation à l'aide d'un indicateur original de l'existence de collaborations entre universités et entreprises, à savoir la réalisation de thèses en entreprises (thèses CIFRE). Le quatrième chapitre est consacré au de l'Université Louis Pasteur en Alsace. Nous étudions en particulier les partenaires privés de cette université. Enfin, nous présentons dans le cinquième chapitre, les résultats d'un questionnaire envoyé à l'ensemble des participants des thèses CIFRE réalisées en Alsace.
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