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La métaphore de l’« arbre » est utilisée dans la littérature scientifique de manière peu précise. L’arbre incite à penser une racine, des bourgeonnements, et renvoie presque automatiquement à la généalogie. De même, à partir d’elle, les usages de la notion de « phylogénie » ne sont pas très calibrés. Après avoir passé en revue divers types d’arbres et le contexte de leur utilisation (mathématique, théorique, empirique, synthétique), nous préciserons ce qu’on appelle une phylogénie. Ces précisions apportées permettent de rappeler comment se construisent les graphes dont le rôle est de mettre en cohérence des partages d’attributs entre entités à classer. Ces graphes ne sont pas nécessairement généalogiques. On peut s’en servir dès qu’on a de bonnes raisons de produire des catégories emboîtées d’entités dont on veut mesurer la cohérence globale. Ces entités peuvent être des concepts savants. À titre d’exemple, ce travail est fait sur l’histoire de la métaphore de l’arbre (du vivant) en sciences naturelles, laquelle devient progressivement un concept scientifique. Ce travail permet de catégoriser plus précisément les « arbres du vivant » produits par différents penseurs. Enfin, de manière ultime, on peut utiliser les graphes produits pas seulement pour la catégorisation, mais aussi pour représenter la phylogénie des concepts savants – si nous avons de bonnes raisons théoriques pour le faire, c’est-à-dire en s’autorisant à penser une filiation avec modification des concepts savants.
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